Organista y maestro de capilla. Nació en Béjar (Salamanca) en 1748. Inició tempranamente su actividad musical en el Colegio de Niños Cantores de Madrid. En 1763 oposita con un éxito a una plaza en la catedral de Málaga, pero no llegó a tomar posesión de la misma, por ocupar la vacante dejada por José de Nebra en la Real Capilla. En 1768 ocupó el puesto de organista en la misma donde permaneció al servicio de las cortes de Carlos III, Carlos IV y, posteriormente, de Fernando VII. Tres años después consiguió el nombramiento de "maestro de estilo italiano", y en 1805 fue nombrado Maestro de Capilla de la Real Capilla y rector del Colegio de Niños Cantores. Tras la guerra de la Independencia, Lidón fue repuesto en su cargo por Fernando VII el 25 de junio de 1814, donde permaneció hasta su muerte acaecida el 11 de febrero de 1827.
En su obra destaca una numerosa producción de música religiosa (cuatro misas, lamentaciones, himnos, misereres...), así como varias piezas especialmente para órgano y sonatas para violín, viola, y un cuarteto de cuerdas con trompa obligada. Al margen de ella, en 1792, la compañía teatral de Ribera estrenó en el Coliseo del Príncipe, Glauca y Coriolano, ópera con libreto en castellano también conocida como Sinfonía, Drama heroico en un acto en verso castellano, puesto en música por don Josef Lidón. En ella plantea la defensa del idioma castellano como lenguaje válido para ser empleado en el teatro lírico, anticipándose a los compositores del siglo XIX, como Tomás Bretón. Consta de dos actos y está basada en La Araucana de Ercilla. Igualmente, siguiendo la moda del momento escribió tonadillas como Los dos hermanos y La naranjera, y una zarzuela, El barón de Illescas con texto de Moratín.
Como teórico dejó un Tratado de Acompañamiento (Reglas muy útiles para los organistas..., un Tratado de la fuga y otro sobre El arte de modular.
Sus obras se conservan principalmente en el Palacio Real y en la Biblioteca Nacional.
